Lei Complementar nº 329/2006 – Art. 43:
I – definir a Política de Saúde;
II – coordenar, planejar e executar de forma descentralizada as ações de saúde, de acordo com as diretrizes do Sistema Único de Saúde;
III – acompanhar mensalmente em conjunto com a Superintendência de Controle Interno o repasse de verbas, observando o índice constitucional de aplicação mínima obrigatória no setor de saúde municipal;
IV – administrar o Fundo Municipal de Saúde e estabelecer políticas de aplicação dos seus recursos, em conjunto com o Conselho Municipal de Saúde;
V – firmar convênios e contratos, inclusive de empréstimos, juntamente com o Prefeito, referentes a recursos que serão administrados pelo Fundo;
VI – ordenar empenhos e pagamentos das despesas do Fundo, assinar cheques, ordem de pagamento e/ou ordem de crédito;
VII – gerenciar os recursos financeiros alocados no Fundo Municipal de Saúde, em consonância com legislação específica em vigor, de modo a viabilizar as ações planejadas no âmbito da Secretaria Municipal de Saúde;
VIII – manter os controles necessários à execução orçamentária do fundo, referente a empenhos, liquidação e pagamento das despesas, e aos recebimentos das receitas do fundo a serem encaminhadas à supervisão de contabilidade orçamentária;
IX – cadastrar, programar, pagar, controlar e avaliar todos os serviços prestados pela rede de saúde a realizar programação físico e orçamentária;
X – submeter ao Conselho Municipal de Saúde as demonstrações periódicas de receitas e despesas do Fundo;
XI – desenvolver e implementar metodologias de planejamento, variação, controle e acompanhamento da gestão da atenção básica e do Sistema de Saúde como um todo, incluindo próprios, prestadores, conveniados e contratados; integrar os sistemas de informações sob gerência da Secretaria com a finalidade de garantir a potencialização dos recursos existente;
XII – executar atividades administrativas relativas a controles, compras e acompanhamento de contratos, serviços, abastecimento, apoio operacional, transporte e manutenção de equipamentos e unidades físicas;
XIII – operacionalizar a Política Municipal de Saúde; implementar e gerenciar programas de saúde, projetos especiais, ações de vigilância e controle do meio ambiente;
XIV – dirigir redes de prestação de serviços como a Rede Básica de Saúde;
XV – proporcionar atendimentos de serviços a Rede de Ambulatórios Especializados e de Centros de Referência, a Rede de Serviços de Apoio Diagnóstico e Terapêutico e a Rede Hospitalar e de Urgência/Emergência mesmo em outros centros tecnológicos através de convênios e contratos;
XVI – promover a elaboração e constante revisão da legislação municipal referente à área de saúde do âmbito do Município, de acordo com as políticas adotadas a nível Estadual e Federal e Internacional;
XVII – fiscalizar e assegurar o cumprimento do Código Municipal de Saúde Pública e demais legislações pertinentes à sua área de atuação, em coordenação ou cooperação, com outros órgãos da administração Pública Federal, Estadual e Municipal;
XVIII – desenvolver amplo trabalho de educação sanitária, junto à população de baixa renda;
XIX – acompanhar, avaliar e decidir sobre a realização das ações previstas no Plano Municipal de Saúde;
XX – manter intercâmbio pertinente com as demais instituições que participam dos serviços de saúde do Município, a fim de se estabelecer coordenação interinstitucional que permita a racionalização do uso dos recursos existentes e seu ajustamento ao planejamento local;
XXI – organizar e normatizar Diretrizes para a elaboração do Plano Municipal de Saúde, estabelecidas na Conferência Municipal de Saúde, adequando-as a realidades epidemiológica e à capacidade organizacional dos serviços;
XXII – manter permanente articulação com órgãos Federais e Estaduais, no desenvolvimento das atividades de saúde pública;
XXIII – firmar convênios, contratos, acordos e ajustes com órgãos e entidades da Administração Pública Federal, Estadual e Municipal, bem como com organismos internacionais e entidades privadas, desde que autorizada pelo Chefe do Poder Executivo e comunicado a Câmara Legislativa;
XXIV – assegurar o cumprimento de todos os programas de saúde do município;
XXV – prover as Unidades de Saúde de todos os instrumentos e equipamentos necessários à consecução de suas atividades de modo a não permitir a interrupção de seus trabalhos;
XXVI – manter o controle e a avaliação da produção das unidades integrantes da Rede Municipal de Saúde;
XXVII – organizar estruturas específicas capazes de realizar todas as atividades sob sua responsabilidade de forma integrada, evitando-se a separação entre atividades de vigilância epidemiológica, vigilância ambiental em saúde e operações de controle de doenças, preferencialmente que esta estrutura tenha autonomia administrativa, orçamentária e financeira para a gestão de recursos, integrada aos Sistemas Estadual e Municipal de Saúde; integrar a rede assistencial, conveniada ou contratada com o SUS, nas ações de prevenção e controle de doenças;
XXVIII – encaminhar documentos de produção que gerem créditos às unidades da rede municipal de saúde; controlar a guarda, autorização e a emissão de AIH’s; propor penalidades ao prestador infrator detectados por inspetoria;
XXIX – exercer a vigilância da qualidade da água em sua área de competência, em articulação com os responsáveis pelo controle de qualidade da água, de acordo com as diretrizes do SUS;
XXX – definir o responsável pelo controle da qualidade da água.
XXXI – realizar o processo de credenciamento e descredenciamento;
XXXII – encaminhar à supervisão de contabilidade mensalmente as demonstrações de receitas e despesas, trimestralmente, os inventários de estoques de medicamentos e de instrumentos médicos, anualmente, o inventário dos bens móveis e imóveis.